• عصر ترجمه (قرن ۱ تا ۳ هجری – قرن ۷ تا ۹ میلادی)
• دوران طلایی اسلام (بویژه قرون ۹ تا ۱۲ میلادی) تا آغاز ورود مغولان به ایران که دوران بسیار مهمی است و دانشمندان بزرگی در این دوران پا به عرصه می گذارند.
• دوران فراز و فرود (آغاز تهاجم و عصر مغولان تا اوایل قاجار)
• دوران سقوط و خودباختگی (قاجار به بعد)
• دوران نوین (معاصر)

 تاریخچه طب سنتی به ما نشان می‌دهد که در آغاز دوران تسلط اعراب به ایران، دوران خاموشی علم است. با اینکه در زمان خلفای راشدین، دوران جنگ بوده است ولی جندی شاپور از ویرانی حفظ می‌شود.

در دوران امویان نگرش طبقاتی و محافظه کارانه به هر آنچه غیرعربی و بیگانه بوده، وجود داشته است. بنابراین پیشرفت مهمی در دانش پزشکی رخ نمی‌دهد.

عصر ترجمه (قرن ۱ تا ۳ هجری – قرن ۷ تا ۹ میلادی)

در زمان حکمرانی عباسیان، تا پایان خلافت سفاح، دوران جنگ است اما پس از آن و از زمان منصور، دوران علمی آغاز می‌شود. ایرانیان در ساختار حکومتی نقش پیدا می‌کنند، شهر بغداد تأسیس می‌شود و ترجمه علوم غیر عربی به عربی در نجوم، هندسه و طب که عمدتاً توسط سریانی‌ها و ایرانی‌ها انجام می‌شده، صورت می‌گیرد.

از رئیس جندی شاپور جورجیس بن بختیشوع دعوت می‌شود که به بغداد سفر کند و سنت علمی جندی شاپور گسترش می‌یابد. بعد از آن دانشمندان ایرانی، هندی و سریانی به بغداد سفر می‌کنند و آموزه‌های اسلامی مشوق گسترش علم می‌شود و ترجمه به عنوان شغلی مهم و خانوادگی در میان داشنمندان قلمداد می‌گردد.

در زمان هارون الرشید، گسترش و تأسیس بیمارستان‌ها به شیوه جندی شاپور نه تنها در بغداد بلکه در شهرهای دیگر با روی کار آمدن وزرای برمکی که شیوه تفکر ایرانی را گسترش دادند، مشاهده می‌شود.

به علت رشد تفکر علمی پس از جنگ بجای آتش زدن کتابخانه‌ها، کتاب‌ها را به زبان عربی ترجمه می‌کردند و نسخ خطی از یونان و روم خریداری می‌گردید. برای همین این دوران به عصر ترجمه معروف است.

در زمان مأمون گردآوری آثار علمی و دایر کردن کتابخانه‌ها ادامه می‌یابد و تشکیل مجالس مناظره و مباحث علمی با دانشمندان ملل و مذاهب گوناگون رواج می‌یابد و نهضت ترجمه اوج می‌گیرد.

یکی از مهم ترین افراد در ترجمه حنین بن اسحاق است که بسیاری از کتاب‌ها را از زبان یونانی و سریانی به عربی ترجمه می‌کند و با اوج گیری حرکت پزشکان و اساتید از جندی شاپور به بغداد همراه است. او با اینکه اندک اندک جندی شاپور رو به افول می‌رود ولی سنت خود را به تمدن اسلامی انتقال می‌دهد و نهضت ترجمه به صورت بسیار گسترده تا قرن ۱۳ هجری ادامه می‌یابد که ایرانیان دانش آموخته با مکتب پزشکی جندی شاپور سهم عمده‌ای در آن داشتند.

از این رو است که کماکان پزشکی سنتی در دوره تمدن اسلامی را طب ایرانی می‌نامیم.